Erstmals urkundlich als „Pozkneuselde“ erwähnt wurde der Ort in der Grenzbeschreibung von Gattendorf unter Ladislaus IV. (1273-90). Über das 14. Jahrhundert gibt es keine historischen Quellen über Potzneusiedl. Erst im Jahr 1411 wird die Siedlung unter „Pacznewsidl“ geführt.

1002 heiratete der magyarische König Stefan I. die bayerische Prinzessin Gisela, eine Tochter Herzogs Heinrich II. In der Folge kamen bayrische Adelige, kirchliche Orden und Siedler nach Ungarn (Deutsche Ostsiedlung). Zur Sicherung der Grenze wurden um 1021 die besiegten Petschenegen – sie wurden auch Bissener genannt und stammten ursprünglich aus dem Gebiet zwischen Talas und Donau – am Neusiedlersee angesiedelt. Zu den bayrischen Einwanderern zählten auch die Grafen Poth, die im 13. Jahrhundert Potzneusiedl und Podersdorf gründeten bzw. übernahmen, was sich in den Ortsnamen niederschlug.

Ende des 15. Jahrhunderts war das Gebiet Sitz von Kleinadeligen, wie den Herren von Oslip. Anna, die letzte Vertreterin dieser Familie schenkte ihre Anteile am damaligen Herrenhof ihrem Neffen, Johann Vogt von Donnerskirchen. Während des türkischen Einfalls von 1529 wurde der damalige Ansitz zerstört. In der ersten Hälfte des 18. Jh. gehörte der Besitz zur Harrachschen Herrschaft in Bruck an der Leitha. Um die Mitte desselben Jahrhunderts gelangte Potzneusiedl, das niemals von wehrpolitischer Bedeutung war, in das Eigentum des Freiherrn Karl von Bender. Durch ihn wurde der Gemeinde das Marktrecht verliehen, außerdem errichtete er eine Englischlederfabrik, ein Bierbrauhaus mit Schnapsbrennerei, ein Wirtshaus und eine Mühle.

Im 19. Jahrhundert erwarben die Grafen Batthyány den Ort Potzneusiedl, die ihn ihrer Herrschaft Kittsee angliederten. Sie bauten ein ansehnliches Barockschloss; zu Beginn des gleichen Jahrhunderts entstand auch eine Tabakfabrik. Der Ort gehörte wie das gesamte Burgenland bis 1920/21 zu Ungarn (Komitat Moson). Seit 1898 musste aufgrund der Magyarisierungspolitik der Regierung in Budapest der ungarische Ortsname Lajtafalu verwendet werden.

Nach Ende des Ersten Weltkriegs wurde nach zähen Verhandlungen Deutsch-Westungarn in den Verträgen von St. Germain und Trianon 1919 Österreich zugesprochen. Der Ort gehört seit 1921 zum neu gegründeten Bundesland Burgenland. Durch das Gemeindestrukturverbesserungsgesetz von 1971 wurde Potzneusiedl mit seinen Nachbargemeinden Gattendorf und Neudorf unter der Großgemeinde Gattendorf-Neudorf vereinigt, erlangte jedoch 1990 wieder seine Eigenständigkeit und verfügt seit 1990 erstmals auch über ein eigenes Standesamt.